29 июня 1979 года Политбюро приняло первые решения, которые обозначили переход к непосредственному, но скрытому советскому военному присутствию в Афганистане. В постановлении об обстановке в ДРА фиксировалось дальнейшее осложнение, рост организованности действий мятежных племён, усиление антиправительственной и антисоветской агитации, включая пропаганду идеи «свободной исламской республики». Были утверждены меры по увеличению числа советников, а также по скрытному размещению подразделений для охраны аэродрома Баграм, особо важных объектов и посольства СССР — под видом технического и обслуживающего персонала. В начале июля в Кабул прибыл спецотряд «Зенит», а в июле на Баграм под видом специалистов прибыло подразделение ВДВ для охраны ключевого аэродрома. Дальнейшая дестабилизация проявлялась, среди прочего, в восстании в Бала-Хиссаре 5 августа 1979 года, подавленном афганскими силами.
В августе 1979 года в распоряжении США появился аналитический доклад Д. Дж. Макичина о «советских возможностях в Афганистане», где выделялись три возможные траектории действий СССР — от поддержки без прямого участия до крупного ввода войск; отдельно фиксировалась логика, согласно которой наращивание советского присутствия повышает риск втягивания в крупную операцию, несмотря на желание избежать прямого вмешательства. В дальнейшем эта логика была обобщена в докладной руководства ЦРУ, где прогноз действий СССР строился на стратегических интересах и соображениях национальной безопасности, а не на идеологической мотивации. В самом советском руководстве одновременно нарастал фактор тревожности и недоверия к Х. Амину: отмечались его контакты с внешними игроками и стремление к более «сбалансированному» курсу, что, по оценке советской стороны, создавало риск политического разворота Афганистана. В результате сложилось представление об Амине как о национал-оппортунисте, способном изменить ориентацию ради удержания власти, и возникла установка на замену его более надёжной фигурой — Б. Кармалем.
К декабрю 1979 года, на фоне продолжающегося обострения у южных границ СССР, советское руководство пришло к выводу, что конфликт в Афганистане принял необратимый характер, вышел за рамки внутреннего кризиса и не может быть остановлен одними политическими и экономическими мерами. В условиях холодной войны и интернационализации противостояния меры военной поддержки возобладали над иными решениями. 8 декабря 1979 года узким составом было принято предварительное, а 12 декабря — окончательное решение о вводе Ограниченного контингента советских войск. Решение принималось в условиях строгой секретности; вопрос о применении вооружённых сил за пределами страны, как подчёркивается, не рассматривался в высших государственных органах, а отдельные участники партийного руководства узнали о вводе войск постфактум. Одновременно в мемуарных свидетельствах и дневниках отражены разные версии о роли и мотивах отдельных руководителей, прежде всего А. А. Громыко, Д. Ф. Устинова и Ю. В. Андропова, а также различия между позицией Генерального штаба и политическим решением.